温州市港航管理局积极实施“一港三城”发展战略和“水运强省”工程，以瓯江口外深水港开发建设为龙头，以状元岙港区、乐清湾、大小门岛、七里等港区为核心，以龙湾、灵昆、飞云江、鳌江、 艚、霞关港区等为骨干，形成瓯江、飞云江、鳌江“三江互动”发展格局。

　　瓯江、飞云江、鳌江三大水系贯穿温州境内，温州市内水网交叉，河道总长2000多公里。位于飞云江畔的瑞安港和位于平阳县的鳌江港均建有千吨级海运码头，瑞安港可乘潮通航1000吨级货轮，年吞吐量200万吨。瑞安港所在的瑞安市经济发达，综合经济实力列全国百强县(市)第36位，现已形成“五纵两横一绕”的公路主网络，实现了市域半小时交通圈，是温州南翼中心城市，2004年进出口总额达8.2亿美元，温州海关驻瑞安办事处于今年元月27日开关；平阳县的鳌江港是浙江省五大联运港口之一，1994年列为国家二类开放口岸，也建有1000吨级码头，年吞吐量100万吨，曾有过大批叶蜡石从鳌江港一号码头起航出口韩国。瓯南大桥、温福铁路、甬台温高速公路的建设，使鳌江港作为温州港卫星港的地位日益显现。

　　由于温州瓯江、飞云江、鳌江形成大、中、小功能基本齐全的港口总框架，在温州港总体规划的指导下，调动地方建设港口的积极性，温州区域内的港航资源得到整合，2004年共完成货物吞吐量3440.51万吨(包括地方港口吞吐量)比上年增长12.5%，创历史新高。