青海可可西里国家级自然保护区位于玉树藏族自治州西北部,昆仑山南麓长江北源地区,与新疆维吾尔自治区、西藏自治区和海西蒙古藏族自治州及玉树州的曲麻莱县接壤。地理位置在东经89°30'-95°05',北纬33°02'-36°30'之间,南北宽约280公里,东西长200-400公里,面积4.5万平方公里。核心区在34°40'-35°50'N,89°30'-92°30'E之间,面积约2.55万平方公里。可可西里蒙语为“青色的山梁”被誉为“美丽的少女”,藏语称该地区为“阿青公加”。整个保护区平均海拔在4600米以上,最低4200米(红水河峡谷,又称豹子峡),最高海拔6860米(青新峰,亦称布喀达坂峰或莫诺马哈峰,青海省第一高峰),基本地貌类型除南北边缘山地为大、中起伏的高山和极高山外广大地区主要为中小起伏的高山和高海拔丘陵、台地和平原,年平均气温-4.4℃-10℃,最低气温-46℃。
可可西里被称为“世界第三极”,自然环境严酷,气候恶劣,人类无法长期居住、生产和生活,因而保留了其原始的生态环境和独特的自然景观。土壤为高山草甸土、高山高原土和高山寒漠土三种地带性土壤,其次为沼泽土,零星分布有草甸土、龟裂土、盐土、碱土和风沙土等、区内野生植物资源较为丰富,主要植被类型有高寒草原、高寒草甸和高寒冰缘植被,少量分布有高寒荒漠草原、高寒垫状植被和高寒荒漠等植被。有高等植物210余种,其中青藏高原特有种84种,重点保护的植物有新生女娄菜、唐古拉翠雀、线叶柏蕾荠、双湖含珠荠、马尿泡、唐古拉虎耳草、二花棘豆、短梗棘豆、昆仑雪兔子、黑芭凤毛菊、芒颖鹅冠草等,垫状植物资源特别丰富,有50种,占全世界的三分之一。动物区系组成简单,但种群密度大,数量较多,有哺乳动物23种,其中青藏高原特有种11种,有国家一级保护动物藏羚羊、野牦牛、藏野驴、白唇鹿、雪豹,二级保护动物盘羊、岩羊、藏原羚、棕熊、猞猁、兔狲、石貂、豺,省级保护动物藏狐等;鸟类48种,其中青藏区种类18种,有国家一级保护动物金雕、黑颈鹤,二级保护动物红隼、大鵟、秃鹫、藏雪鸡、大天鹅、省级保护动物斑头雁、赤麻鸭、西藏毛腿沙鸡等;爬行动物有青海沙蜴;鱼类有裸腹叶须鱼、小头裸裂尻鱼等6种,均为高原特有种。还有一些昆虫和水生低等生物。经济意义较高的水生物有卤虫等。本区特有的生物种类不但是我国的珍稀物种,而且也为世界所瞩目,无论在学术上和自然保护上均被放在一个特殊的位置上。