长三角面临土地、能源、资源、技术蓝领短缺、国内国外资金分流、地区利益本位等系列问题。上海市政府决策咨询专家、上海工业发展咨询公司总经理董锡健对本报记者分析说，下一步长三角需要调整思路，发挥地域影响力、财富底盘大的优势，抢占一些市场先机，主动与国际潮流(研发中心转移、服务外包转移)、国家战略对接。

　　在相当长的时期中，长三角地区的财富积累进程，都与地方政府的作为联系在一起。地方政府就财富积累和发展而竞争的体制特征，一方面成就了今天长三角的奇迹，另一方面，也使长三角的进一步发展遇到了区域壁垒、市场分割、要素利用效率低等难题。刘志彪说，为了使长三角地区突破阻力实现更好的增长，需要地方政府随着发展水平的提高，逐步淡出具体的市场竞争过程，培育真正的市场主体，让企业、市场、产业集群、行业协会、国际价值链等无形机制，逐步成为经济协调的主要力量；政府要利用《竞争法》等规制，冲破旧制度下的区域壁垒和市场分割，使长三角地区按照形成国际竞争力、在全球化中能够与发达国家进行正面竞争的目标，全面实现该区域的规模经济和范围经济，提高发展的效率。

　　吴晓隽发现，长三角在2000~2005年间表现出比1990~1999年间更强的投资依赖，而科技进步对经济增长的贡献则明显下降，这对于长三角经济的转型和产业结构提升显然不利。长期高度依赖投资拉动的长三角，表现出在三大都市圈中最低的边际投资效率。