2001年1月
金门、马祖客船首次直航厦门、福州马尾港，实现海上客货直航。
1月28日，福州马尾经济文化合作中心代表与马祖地区代表在福州签署了《福州马尾--马祖关于加强民间交流与合作的协议》。
台湾当局开放金门、马祖与福建沿海“小三通”。
2001年2月
2月6日，厦门“鼓浪屿”号客船载着75名居住在厦门的金门籍同胞，从厦门首次直航金门探亲。
台湾银行金门分行由原简易外汇银行分行升为功能齐全的外汇指定银行，自3月1日起办理各项海外汇款业务。
2001年3月
厦门市两岸交流协会代表与金门地区两岸关系交流协会代表签署了《关于加强厦门与金门民间交流交往合作协议》。
2001年7月
福建省组织了晋江市50家知名企业、2000多件产品首次赴金门举办“晋江市名优特产品金门展销会”，这是祖国大陆产品首次在台湾地区展销。
福州马尾经济交流合作中心组团赴马祖考察，这是福建船舶首次直航马祖。
台湾召开“经发会”，在两岸“三通”方面达成如下共识：
(1)配合加入WTO进程，开放两岸直接贸易及两岸直接通邮、通讯等业务。
(2)整体规划两岸“通航”事宜，并通过两岸协商予以落实推动。
(3)扩大“境外航运中心”功能及范围，开放货品通关入境。
(4)积极评估建立“经贸特区”。此后，台湾当局以“积极开放、有效管理”取代“戒急用忍”政策。
2001年11月1日
海南三亚飞行责任区改由大陆空中交通管制部门负责，台湾5家航空公司的飞机飞行东南亚国家的航班均使用该航路，大陆航管部门为台湾航空公司提供了安全、优质、高效的空中交通服务。
台湾当局开放银行赴大陆设立代表处。
2001年11月
两岸先后加入世界贸易组织(WTO)。
台湾扩大“境外航运中心”功能，允许大陆货物进入出口加工区、工业园区、科技园区、保税区加工后再出口。
2002年1月
台湾当局开放两岸直接贸易，允许双方直接签订贸易合同，台商可直接到大陆投资，开放台湾的外汇业务银行与大陆银行间办理通汇业务。
2002年2月
民航总局与台湾中华飞航管制员协会达成协议，相互交换航行通告和航空气象情报。
2002年5月
台湾的“金航二号”直航福州马尾港接运2300吨自来水运抵马祖。
2002年6月
国务院台湾事务办公室主任陈云林在会见台湾政商界“三通”参访团时指出，“三通”不能实现，受影响最大的是台商，对台湾经济发展也是不利的，同时还造成台湾民众每年无谓的经费、精力和时间的浪费。这种状况不应该再延续下去了。当前，只要把“三通”看作是一个国家内部的事务，就可以通过民间对民间、行业对行业、公司对公司进行协商的办法，尽快通起来。
2002年7月
澎湖257名信众乘台湾“超级星”号客船首次直航福建的泉州港。
2002年8月
台湾当局开放大陆资本投资台湾的不动产。
2002年11月
江泽民同志在党的十六大报告中指出：“实现两岸直接通邮、通航、通商，是两岸同胞的共同利益所在，完全应该采取实际步骤积极推进，开创两岸经济合作的新局面”。
2003年1月24日
钱其琛副总理在纪念江泽民主席发表《为促进祖国统一大业的完成而继续奋斗》讲话八周年座谈会上指示，尽早实现两岸直接“三通”，是大势所趋，人心所向，也是当务之急。“三通”作为经济性事务，理应以两岸同胞的切身利益和实际需要为优先，而不应受到任何政治因素的干扰和影响。以民为本、为民谋利，应当是解决“三通”问题的立足点和出发点。“三通”是两岸之间的事，是经济问题，“三通”商谈不是政治谈判，可以不涉及一个中国的政治含义。为早日通起来，协商方式可以尽量灵活，解决办法应当简单易行。在两岸的民间行业组织就“三通”的技术性、业务性问题达成共识后，由各方自行取得确认，就可以通起来。
2003年1月26日至2月10日
近4000位台商及眷属从福建省厦门、福州分别乘客船至金门、马祖，转乘飞机返台湾本岛过春节。
大陆方面对台商春节包机和经金门、马祖返乡过年给予大力协助，周到服务和妥善安排。
台湾中华航空公司的飞机经停香港飞抵上海接运台商返乡过春节。台湾共六家航空公司的飞机先后经港澳机场飞抵上海，飞行16班、32架次，往返运送2478位台商及眷属。这是台湾民航飞机首次以正常方式航行大陆。
2003年3月20日
国务院台湾事务办公室和民政部联合颁布《台湾同胞投资企业协会管理暂行办法》。
美国向伊拉克开战，祖国大陆允许台湾航空公司的飞机飞越祖国大陆空域。
3月27日，台湾中华航空公司的飞机飞越祖国大陆上空抵达欧洲国家。
2003年5月21日
中国民用航空协会海峡两岸航空运输交流委员会副理事长浦照洲表示，我们主张，应本着“直接双向、互惠互利、利益共享”的原则，推动两岸货运包机业务。希望货运包机比春节台商包机更进一步，不必舍近求远经停第三地，两岸的航空业都能公平参与。
SARS疫情使港台和澳台客运航班减少，直接影响到两岸航空货物运输。5月6日，国民党“立委”章孝严推动“两岸货运包机直飞”提案，获朝野129名“立委”联署支持。台“陆委会”进行政策评估，5月内将做出决定。
2003年8月13日
陈水扁提出“一个目标、三个阶段”的两岸直航时间表。一个目标是建立两岸和平稳定的互动架构；三个阶段是两岸货运便捷阶段、明年“大选”后为协商阶段、实现阶段则在明年底。
2003年8月15日
台湾“行政院”公布《两岸直航之影响评估》，这份报告全文两万余字，64页，分为六章，包括直航与“三通”的关系、经济影响评估、安全评估、技术面评估、必须考量的关键问题，及应有的方向与准备工作等。提出了三个条件和四项原则。
2003年9月8日
廈门航空港货站开始运营，该项目是两岸民航业首次合资项目，总投资两亿两千多万元人民币，总建筑面积三万平方米，一年可吞吐货物十五万吨以上。
2003年9月
中国民用航空协会常务理事浦照洲15日针对台湾当局公布的“两岸间接货运包机”发表谈话，无论是定期航班还是不定期包机运输，均应本着一个国家内部事务，直接双向、互惠互利的原则处理相关事务。
台湾“陆委会”宣布“两岸间接货运包机”政策，开放台方航空业者以“单向、中停港澳往返上海”的方式，进行两岸货物运输。这项措施办理期间为期一年，台“交通部”、“民航局”自9月25日起受理业者申请，准备每天一架全货机。
2003年10月8日
中央电视台国际频道播出《两岸三通》六集电视证论片，包括“三通”由来、通邮通电、通商、海上通航、空中通航、结论等内容，全方位、多视角、历史性地展现了两岸“三通”的全貌。
台湾“立法院”对“两岸人民关系条例”部分条款进行修改，即建立协商复委托机制，直航许可及管理办法须在一年半内拟定。
2003年11月
国务院台办新闻发言人和民航总局台办负责人针对明年台商春节包机分别发表谈话表示，两岸空中通航应该在直接双向、互惠互利的基础上进行，但是台湾方面仍坚持经停港澳，只允许台湾的飞机飞大陆，不允许大陆的飞机飞台湾，这样就没有互惠互利可言，与我们一贯原则相违背。但考虑到春节是中国人传统的节日，台商希望回家过年，若台湾当局作出下一次可以对飞的承诺，祖国大陆方面可允许台湾的航空公司以单方面不经停第三地的方式飞行2004年春节包机，从台北、高雄至北京、上海、广州、厦门，并欢迎两岸的航空业者就技术等问题进行协商。
台“陆委会”、“交通部”公布明年春节大陸台商返乡专案的相关规定，两岸间接包机与“小三通”适用对象扩大到“经济部”核准大陆投资之台商；间接包机大陸降落点將增加北京，中停点则在港澳之外也增加韩国济洲岛和马尼拉等第三地，且同意在兩岸協商后，让大陸航机参与经营春节间接包机，执行时间为明年一月九日至二月二日。由海基会与海协进行协商。
2003年12月17日
国务院台湾事务办公室发布《以民为本，为民谋利，积极务实推进两岸“三通”》的政策说明书。全文约9500字，除前言及结束语外共有四部分：(1)两岸“三通”现状及面临的问题。(2)实现“三通”符合两岸同胞切身利益，是两岸实现互利双赢的根本途径。(3)大陆方面关于两岸“三通”的基本立场和政策主张。(4)两岸“三通”若干问题的说明。
商务部台港澳司负责人提出，两岸间有非常明显的经济互补性，我们曾经明确提出建立两岸经济合作机制的倡议，现在我们非常欢迎两岸之间建立更紧密的经贸关系安排进行协商，当前最紧迫的问题是实现两岸直接“三通”，这是建立两岸CEPA关系的前提条件。
2004年1月5日
中国民用航空协会致各地台湾同胞投资企业协会会长的公开信。信中对春节台商包机的双向对飞、不经停第三地，以及协商机制等问题加以说明，指出台湾当局在春节包机问题上所设置的种种障碍。尽管如此，大陆民航和交通部门采取多项措施，满足在大陆的台胞回台湾过年的需求。
2004年1月19日
国务委员唐家璇在江泽民同志对台重要讲话发表九周年座谈会上的讲话中指出，我们希望尽快实现两岸全面、直接、双向“三通”，开创两岸经济合作的新局面，造福两岸同胞。早日实现两岸全面、直接、双向“三通”，将大大提高两岸经济的竞争力，加快共同发展，促进两岸经济的全面提升和振兴。这是以民为本、为民谋利、互利双赢的大好事，不应受到任何人的拖延和阻拦。
2004年3月1日
台“行政院”扩大“小三通”十项措施：(1)同意以项目审查方式，准许自大陆进口砂石，可经福澳港查验后，原船运抵东引中柱港、西犬表帆港及东犬猛澳港。(2)规划开办金马中转旅客行李直挂业务。(3)在总量管制及建立管控机制下，输入小额小量大陆农、渔产品免税及简化通关、检疫程序。(3)放宽华侨于重要节日，得以团进团出方式项目申请许可由大陆地区入出金门、马祖。(5)鼓励台商子弟返回金门、马祖接受基础教育。(6)台湾地区民众经申请许可，由金门、马祖入出大陆地区者，查验证件将调整以“护照”代替“金马入出证”。(7)适度开放人员中转。扩大开放对象包括大陆各地台商、福建籍老兵及眷属以及相关商务人员。(8)建立大陆人民来金马观光旅游审查及管理的完整配套。(9)金门水头港及马祖福澳港，得依“免税商店设置管理办法”规定，向海关申请登记为“免税商店”等各项措施。(10)放宽澎湖的大陆配偶，纳入得由金、马入出大陆地区的适用范围。另放宽大陆配偶得由金门、马祖进入大陆地区，经申请定居取得“台湾地区居民身份”者，仍得经金、马入出大陆地区，其台湾地区配偶或子女亦得同行。
2004年4月1日
福州市、厦门市公安部门开始办理五年期的《台湾居民往来大陆通行证》。
2004年5月
台湾当局开放“两岸海运便捷化”，即允许国际班轮在同一航次直接挂靠两岸港口。8月对“境外航运中心设置作业办法”部分条文修正加以说明，指定基隆港和台中港(不得与福建港口通航)为“境外航运中心”，可载运大陆与第三地的进出口货物，经指定的外籍船舶能航行。
2004年12月7日
首批大陆旅游团55人从厦门乘“同安号”客轮直航金门，在金门度过3天2夜。这是大陆居民第一次以“游客”的身份乘船直航金门。
2005年1月
海峡两岸航空运输交流委员会副理事长浦照洲等，与台北市航空运输商业同业公会理事长乐大信等，在澳门就2005年台商春节包机相关技术性、业务性问题进行了沟通并达成共识。双方商定：2005年春节包机采取双方对飞，飞经香港不落地的方式，包机时间自1月29日至2月20日；航点为北京、上海、广州、台北、高雄，两岸各6家航空公司共同参与，双方各24个往返航班。由于台方限制，乘客是台商及家属。
2005年1月29日至2月20日
2005年台商春节包机，祖国大陆的民航飞机56年首次直航台湾。海峡两岸12家航空公司共执行了48个往返班次，运送旅客10773人。其中，大陆6家航空公司运送旅客5224人，台湾6家航空公司运送旅客5549人。2005年台商春节包机安全、顺利、圆满落幕。
2005年3月14日
温家宝总理在十届全国人大三次会议记者招待会上表示：只要是对台湾同胞有利的事情，我们都会去做。第一，要尽快将海峡两岸的客运包机由“节日化”转向常态化。第二，要采取措施，解决台湾特别是台湾中南部地区农产品到大陆的销售问题。第三，要尽快恢复和解决大陆渔工到台湾劳务合作的问题。
