余杭高铁站处于杭州市余杭区，为地铁1号线新增车站，位于原临平南站与南苑站之间。车站共设四个出入口，一个紧急疏散口，两组风亭(均为敞口低风亭，其中2号风亭与紧急疏散口结合设置)。根据余杭南站及周边区域城市设计，车站主体上方为道路，附属部分1号风亭待地块实现规划后可与商业建筑结合设置，3号出入口预留与商业周边规划商业建筑结合的接口。车站主体为地下二层岛式车站，车站全长174.4米。