自20世纪80年代以来，中外马克思主义政治经济学逐步从主要研究社会主义计划经济转型为研究社会主义市场经济，已基本构建了揭示现代市场经济运行机制和发展规律的现代政治经济学体系。这个新体系是以“新的活劳动价值论”、“利己和利他经济人论”、“资源和需要双约束论”、“公平与效率互促同向变动论”等为理论假设和基础的。目前的问题在于，正当现代政治经济学不断地大量创新时，我国应用经济学的一些学科自觉或不自觉地予以脱离，直接照搬照抄现代西方应用经济学的论著，最多加上某些中国统计资料和案例，从而缺乏学术原创，处于学术“被殖民”状态。这有悖于中央倡导构建具有中国特色、中国风格和中国气派的哲学社会科学体系的精神，也不利于中国学术“走出去”。因此，当前有必要强调用现代政治经济学观点引领应用经济学的理论创新。为此，需要做若干拓展性的理论工作：

　　其一，要培养和塑造政治经济学和应用经济学“两栖”教研创新性人才，具有精通政治经济学和一两门应用经济学的“两栖”知识结构。一些经济学前辈已给中青年学者做出了榜样。例如，复旦大学研究《资本论》的著名专家张薰华，运用现代政治经济学的观点，先后开创性地主编和撰写出《土地经济学》、《交通经济学》、《环境经济学》等不少应用经济学论著；中国社科院财贸所原所长杨圣明运用现代政治经济学的观点，撰写出《马克思主义国际贸易学》和《消费经济学》等应用性很强的论著。

　　其二，要建立和健全政治经济学与应用经济学的互动互促关系，发表更多的学科交叉成果。从数十门经济学科大都是从政治经济学这一基础学科中分化出来看，它们原本就是分析方法相联、理论分层相关、政策应用相通的，因而才有经济学一、二级学科和研究方向的内在联系和差别。现在提倡社会科学各个学科以及和自然科学的“文理交叉”与跨学科研究，难道经济科学内部反而要断绝学术渊源和相互渗透吗？

　　其三，要运用现代政治经济学的方法和理论，在有扬有弃地借鉴现代西方应用经济学的基础上，真正实现学术原创和应用高效。以文化经济学为例，20世纪90年代初，在国内外相关文献罕见的条件下，笔者充分运用现代政治经济学的方法和原理，适当汲取西方经济学合理因子，率先进行学术拓荒，编写出国内第一本大文化领域的应用经济学著作——《文化经济学》，分析文化劳动和收入、文化投资和效益、文化商品和市场等，以后又视实践的发展充实改版。

　　其四，可持续发展经济学、劳动经济学、产业经济学、贸易学、金融学、财政学等，已有用现代政治经济学观点进行理论创新的一些成果，就是似乎较难做到的会计学，国内外也有若干进展。就国外来看，法国著名马克思主义政治经济学家迪劳内教授1971年就出版过《马克思主义关于国民会计学的实践》一书；2002年4月国际《会计学观察评论》发表R.A.布耶尔《为什么马克思的劳动价值论优于边际效用论：现代金融报告的案例》一文，指出价值和利润来源理论构成了会计理论的核心部分，确认西方少数学者已根据劳动价值论，清晰地设计出了现代资本主义会计理论体系；2005年，英国约克大学的史蒂夫·汤姆斯在《会计学观察评论》发表的《资产定价模型，劳动价值理论及对会计理论的意义》论文又指出，西方主流会计和金融理论无法合理解释真实的社会经济关系，而马克思的方法被发展应用于包括管理学、劳动力租金和社会资本等方面，结合现代金融和会计的分析方法，提供了对资本主义分析的基础工具。