农村环境的改善是建设社会主义新农村的重要内容。从2003年起，衢州市整合各类资源，通过“百村示范、千村整治工程”、 “乡村康庄”、“万里清水河道”、“千万农民饮水工程”、“欠发达乡镇奔小康工程”、“生态乡镇村建设”等载体，不断完善农村环保基础设施建设，改善农村环境。

　　整治畜禽养殖污染：作为养殖大市，多年来衢州始终把畜禽养殖排泄物综合治理作为重点工作来抓。全市按照“减量化、资源化、无害化”要求，采用生态能源型、种养结合模式，共投入1.8亿万元，完成了2325家畜禽规模养殖场治理。在适宜区域推行畜牧生态小区，鼓励散养户向小区集中，减少限养区散养总数，全市已建成了24个集粪中心，39个生态型畜牧养殖小区，全面完成禁养区禁养，全市规模化畜禽养殖场粪尿综合利用率93.5%。大力实施农村能源沼气工程，制订和实施了《衢州市农村沼气工程建设规划》，全市6个县(市、区)都被列入农业部国债项目试点县，占全省试点县的三分之一，累计建成160个生活污水净化沼气工程示范村，沼气池面积达93万立方米；推广太阳能热水器29.05万平方米，全市农村清洁能源利用率达48.5%。

　　整治村庄环境：五年来全市累计投入建设资金28亿元，完成建设整治村1454个、示范村161个。农村垃圾集中收集处理是农村环境整治的重点，衢州按照“户集、村收、镇运、县处理”与“集中收集、就地分拣、综合利用、无害化处理”相结合，建立健全农村垃圾处理管理体系和运行系统，建成县级垃圾填埋场5个，乡镇垃圾中转站46座，以及垃圾分拣场、垃圾箱(桶)、垃圾运输车、收集车等一批其它垃圾收集处理设施。全市已有2212个村实施农村垃圾集中收集处理，占总村数85.7%。在抓好农村垃圾处理工作的同时，还注重抓好农村污水处理和农村能源综合利用设施建设，对完成的示范村和整治村，都建立了净化池、氧化塘或沼气池等设施，有效推动了农村生态环境保护。全市农村环境“五整治一提高”工程实施范围覆盖了行政村总数的48%。

　　保护饮用水源：饮用水源水质关系到人民群众的身体健康和生命安全，倍受各级党委、人大、政府、政协和全市人民关注。多年来衢州不惜财力物力，通过持续不断地综合整治，加大保护力度，消除隐患，确保水源水质安全，确保人民群众能喝上干净清洁的饮用水，到目前全市已划定了16个集中式饮用水源保护区。全市饮用水源水质达标率已连续多年达到了100%。乌溪江库区饮用水源的保护是衢州市保护水源的一个缩影。乌溪江是钱塘江流域的一级支流，乌溪江库区是衢州市区的饮用水源地，乌溪江流域的生态环境保护和水污染防治工作关系到衢州市区及下游100多万人的生产、生活用水安全，同时直接影响钱塘江流域的水环境质量。多年来，衢州市坚持“从严保护”的原则，采取了一系列的整治措施，切实加大了乌溪江库区的水污染防治工作力度，基本消除了库区的污染源。彻底关闭、整治库区工业污染。2004年，衢江区政府关停了库区13家小造纸企业、1255个竹料腌塘；2007年底，又痛下决心，投入补助资金40余万元，对库区的4家活性炭企业进行了关闭，每年减少数千吨含磷污水的排放。2008年1月又关停了库区6家不规范的玻璃拉丝企业，督促保留的8家玻璃拉丝企业完善污水净化设施，同时建成了可续用20年的拉丝固废统一集中填埋场。全面拆除灯光诱捕、网箱养殖。灯光诱捕网眼小，大鱼、小鱼、毛虾一网打尽，是一种灭绝性的捕捞方式，造成了水中各类鱼种锐减或绝迹，水中生物食物链遭到严重破坏。为此，衢江区在2006年拆除黄坛口库区3855平方米网箱养殖及2万多平方米库弯围养的基础上，2008年又拆除了湖南镇库区700多副灯光诱捕及网箱养殖渔具，涉及水面5万多平方米。并通过投放白鲢、花鲢等鱼苗，净化水质，保持水体生态的平衡，消除水体的富营养化现象。加大库区生活面源污染治理。投入200多万元，建成了湖南镇生活污水集中处理设施；完成了库区9个村、120户农户的湿地处理工程建设。另外，严禁库区内新建规模化畜禽养殖，搬迁了原有的17个存栏100头以上生猪养殖场，削减生猪养殖1万多头。

　　现在，外地人到衢州，赞叹最多的是衢州的饮用水真好、真甜，优良饮用水已成为衢州的一张名片。