 疑问一：中方作者是否知晓论文内容？ |
论文的第二作者胡余明表示，对于该篇论文，他不知情，之前既没有听说与该篇论文相关的任何信息，也没有看过论文的内容，更不知道为何自己的名字会出现在论文的作者之中。
第三作者荫士安9月4日给记者的声明称，“(我)对美方论文中涉及菠菜和β-胡萝卜素的实验知情，对黄金大米数据不知情；我们的项目(即在湖南衡南县江口中心小学做的实验)在于植物性食物(如菠菜)中胡萝卜素转化成维生素A的效率。”
第四作者是浙江省医学科学院保健食品研究所研究员王茵，她告诉记者，“我对论文不知情。”［详细］ |
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| 疑问二：湖南是否进行过转基因大米试验？
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湖南省农业厅转基因办公室相关工作人员表示，2008年以来，湖南省从未进行过任何转基因大米试验。
湖南省疾控中心、衡南县疾控中心有关负责人以及参与“维生素A在人体内转化效率”实验的胡余明均向记者表示，从美方论文描述的时间、参与人数与内容来看，2008年在湖南省开展的相关实验，只有衡南县江口中心小学实施的这一个，别无其他。
9月1日，湖南省衡阳市政府发表一份声明称，通过调查，在衡南县江口中心小学进行的实验不是转基因试验，而是“植物中类胡萝卜素在儿童体内转化成为维生素A的效率研究”，且所有食品均在当地采购。［详细］
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| 疑问三：在湖南小学做的是什么实验？
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| 课题负责人与实验小学表示，是国家自然基金研究项目，不是转基因试验
。衡南县疾控中心副主任伍剑桥是参与者之一。他告诉记者，该课题是中国疾控中心营养与食品安全所于2008年委托湖南省疾控中心承担的《植物中类胡萝卜素在儿童体内转化成为维生素A的效率研究》的工作，系国家自然基金研究项目(课题编号为NO.30571574)。［详细］
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| 疑问四：实验所需食材来自哪里？
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课题所用食材来自两个渠道：米、油、调味品由衡南县疾控中心在衡阳市步步高超市采购；肉类、禽、蛋等生鲜食品由学校在江口镇采购。他给记者看了当时的超市采购发票。
参与大米采购的伍剑桥和校方几位工作人员告诉记者，他们记得很清楚，给学生们吃的大米是湖南省金健米业的“桃花香米”。［详细］ |
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| 疑问五：家长学生对实验是否知情？
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因课题对参与实验的儿童有年龄要求(6—8岁)，衡南县江口中心小学选择全部由二年级学生参与。贺仲秋告诉记者，实验开始前，学校组织学生家长开了第一次家长会，大约有180多名家长参加，会上给每位家长发了一份课题组提供的知情书，由家长自主选择。
在学校组织的第二次家长会上，学校收到了100多份由家长签名的知情同意书。贺仲秋说，有些家长不愿意孩子参加，就没有在知情书上签字。［详细］ |
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| 疑问六：中方课题是否美方主导？
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课题所需经费均由中国疾控中心营养与食品安全所拨付，并非来自国外科研机构。衡南县疾控中心出具的一份银行转账单显示，付款人为“中国疾病预防控制中心营养与食品安全所”。
荫士安在声明中说，中国疾控中心营养与食品安全所为国家自然科学基金《植物中类胡萝卜素在儿童体内转化成为维生素A的效率研究》课题承担单位，项目实施是与浙江省医学科学院、湖南省疾病预防中心合作进行，在实验室分析技术上得到了美国塔夫茨大学的支持。［详细］
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| 到现在为止，湖南的那些孩子到底吃没吃转基因大米还依然是个谜，这让我们困惑。事情不复杂，如果是论文作者撒谎，孩子根本没吃过大米，那他们将来在科学界就别混了；而如果吃过，这是属于严重犯错，科学实验越了界。至今为止，包括中国农业部，卫生部，食品药品监督管理局在内，没有任何一个部门曾经批准美国塔夫茨大学，来中国进行黄金大米相关试验，甚至中国的海关，也未曾允许黄金大米这种转基因作物进口。如果它确实曾被带入中国，并且进行了人体试验，那么毫无疑问，这个实验违反了中国的法律规定。
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