1996年8月
香港港龙航空公司的飞机首航台湾的高雄，经香港机场换航班号，一机到底飞行两岸。
1996年8月
交通部与外经贸部先后公布《台湾海峡两岸间航运管理办法》与《台湾海峡两岸间货物运输代理管理办法》。
1996年9月
台湾当局采取“戒急用忍”政策，限制两岸经贸关系发展。
1997年1月
大陆的海峡两岸航运交流协会与台湾海峡两岸航运协会代表在香港就两岸“试点直航”问题进行协商，并签署“会谈纪要”，决定开通福州、厦门至高雄的“试点直航”航线，中转大陆的外贸货物。4月17日，厦门的“盛达轮”首航高雄港。4月24日，台湾立荣海运公司的“立顺轮”从高雄直航厦门港。
台湾当局于1997年7月1日开放大陆权宜轮经第三地，可原船载集装箱往返两岸；同年10月21日，台“交通部”正式开放干线船舶经高雄港延伸至第三地。
1997年4月
在厦门举办了首届对台出口商品交易会。
1997年8月
台湾复兴航空公司从法国购买的一架ATR-72型客机，从法国经乌鲁木齐、西安、北京，从上海出境，再飞日本的石垣岛到台湾，创下台湾航空公司的飞机飞越祖国大陆的先例。
1998年5月
国家批准设立厦门大嶝对台小额贸易交易市场，该市场设有商品交易、仓储、简易加工和综合服务。为两岸民间交易提供方便。
1998年6月
台“经济部”公告，开放船舶运送、船务代理、船舶出租、港埠、航空货运承揽、民用航空运输与电信等在大陆设立办事处。
1998年12月
外经贸部发布了《在祖国大陆举办对台经济技术展览会暂行管理办法》，允许台商单独到大陆举办展览会。
1999年12月
国务院发布《中华人民共和国台湾同胞投资保护法实施细则》。
2000年4月
1999年至2000年先后建成欧亚、中美和亚太海底光缆，建立了两岸直达路由，两岸的电信公司互相开办直接通电多项业务。
台湾当局公布实施《离岛建设条例》，该条例第18条规定，“在台湾本岛与大陆地区全面通航之前，得先试办金门、马祖、澎湖地区与大陆地区通航”。
2000年12月
外经贸部公布了《对台湾地区贸易管理办法》。
台湾“行政院”公布《试办金门马祖与大陆地区通航实施办法》。
