为解决澳门回归后的台澳空中通航及经澳门中转两岸空中通航问题，台北航空运输商业同业公会与澳门航空公司代表于1995年12月1日签署《台澳通航协定》，两岸政府与主管部门官员则以顾问身份参与整个谈判过程，并主导协定基本原则。该航约有效期限为期五年，跨越澳门回归的1999年，于2000年11月30日届满。其中规定，澳门航空公司从台北、高雄经澳门只换班号不换航班可直飞大陆，实现了连接两岸三地的“一机到底”的“准直航”。

　　2000年12月，台澳双方依过去的谈判模式，由民间完成续约，即签署新航约，保证了台澳空中航运与两岸“一机到底”的中转通航。

　　依协定，台澳航权由澳门航空公司取得半数营运权，自1996年12月8日开始营运。另一半由台湾长荣航空与复兴航空两家公司均分。澳门航空公司因大陆持股51%，不符合台湾的法令，乃以“专案核准”方式允许在台设立分公司，再由台湾华夏、雄狮与北航三家综合旅行社合资成立“台澳旅行社”，作为台湾地区总代理，首任董事长由雄狮旅行社董事长王文杰兼任，而澳门航空公司台湾分公司总经理由国泰航空公司的张泽凯担任。

　　根据台澳航约，澳门航空公司目前每周可使用的座位计18800个，每天来回台澳之间的班机共26班(单程台北10班，高雄3班)，每周101班次。因澳门班机抵达澳门后只换班号不换班机，一机到底飞往大陆主要城市，转机时间一般只需40分钟。这吸引台湾同胞纷纷搭机经澳门中转，不仅使赴澳门的台湾同胞从1995年前的不足4万人增至2001年的107万人，其中中转大陆的超过70万人次，而且澳门航空公司营业额大幅上升，仅台澳之间的航线每年营业额可达50亿元新台币，成为台湾第二大外籍航空公司。

　　为了满足这一需求庞大的航线，澳门航空公司还于2001年8月向台湾远东航空公司租用了第9架客机，每日增加了3次澳门往返台湾或高雄之间的航班。其中，澳门至高雄的往返航班增加了4个，每周澳门与台北之间的航班增加了11个。从2001年8月1日起，每周往返台湾与澳门的航班总量增加到167个。

　　2002年3月21日，澳门航空公司宣布，将运用兼有飞台湾与大陆的航线优势，仿效客运航班“换班号不换班机与航线”的中转澳门模式，首开两岸一机到底的全货机航线，成为首家一机到底连接两岸三地经营货运市场的航空公司。

　　台湾航空公司也开始经营台湾到澳门的航空货运。2002年2月，台湾复兴航空公司首航台澳全货机航线，不过受限法令只能往来于台湾与澳门之间，货物运抵澳门后，再由澳门新世界集团的信达利航运公司接手，负责两岸三地之间的航管货运承揽。

　　澳门航空公司计划收回台湾地区代理权，结束与台澳旅行社的7年合作关系，所有业务将由澳门总公司直接管理。