宋徽宗崇宁三年(1104年)，孔子第四十八代嫡孙孔端友袭封衍圣公。但在1128年，由于金兵侵宋，高宗赵构南逃，孔端友应诏，背负孔子弟子子贡雕刻的孔子及夫人亓官氏楷木雕像随驾南渡，后世居衢州。孔端友成为孔氏南宗始祖，这一宗历经六代衍圣公，约两百年。

　　与此同时，金国也命孔端友的同父异母弟弟孔端操袭封衍圣公，以主持曲阜孔庙祭祀。孔端操成为北宗之始。而后蒙古军队占领曲阜，又立孔之全为衍圣公，这样，蒙古、金、南宋三国并立之时，曾出现“天有三日”—三个“衍圣公”的局面。

　　至元十九年(1282年)，一统中国的元世祖忽必烈查问到底应由谁来袭封圣爵，有人推荐南宗的孔洙，孔洙赴京，以孔氏南宗历代衍圣公的坟茔在衢州，“难以离弃”，而“况曲阜子孙守护先茔，有功于祖”，表示自己愿意让出衍圣公爵位。忽必烈称赞孔洙“宁违荣而不违亲，真圣公后也”，特任命他为国子祭酒。

　　为免日后南宗子孙与北宗夺嫡，当时朝廷专门制订了衢州孔氏家规，张挂在南宗孔氏家庙，言明曲阜北宗袭封千年不易，如南宗妄起争端，将被“置之重典，永不叙录”。

　　而后南宗以五经博士衔世袭，到民国时期，南宗嫡孙也被立为“大成至圣先师南宗奉祀官”。