与国家铁路局“三定”编制同时进行的中国铁路总公司机构编制也有了眉目：总部层面，原铁道部的职能部门除公安局外，其余被改换名称后全数保留下来，此外，铁总还增设了物资管理部等一些新的部门。垂直层面，原铁道部下属的18个路局仍全部由铁总管理，此前盛传的地方路局合并未有明显动静。
原铁道部被拆分后，新组建的中国铁路总公司承担原铁道部的企业职责。换言之，铁路总公司负责建设和运营，国家铁路局负责监督。但考虑到铁路行业的特殊性，中国铁路总公司并非一般意义上的市场化企业，而是顶着正部级行政身份的央企，其机构设置和编制安排，正是在这种背景下展开的。而按照既定改革方案，铁路总公司虽无法市场化，但同样要在机构、编制上向市场化企业靠拢。
就目前的机构设置来看，顶着第一央企头衔出生的铁路总公司，确实承接了原铁道部的企业职能，而且铁路司法的最后一块堡垒——铁路公安并未并入铁路总公司，这些进步值得肯定。但是，铁路总公司将原铁道部的职能部门改换名称全数保留，甚至新增了不少管理部门，这样的改革设计，实在让人难以接受。众所周知，之所以拆分铁道部，除了政企分开之外，更重要的目的是通过改革实现机构精简、裁撤冗员，使承担运输业务的铁路总公司能够轻装上阵，以企业的灵活性经营来盘活整个铁路运输体系。现在，铁路总公司机构不减反增，等于将原铁道部承担企业职能的机构原封不动地接管过来，同时还多出几个司局级单位，按照这种思路改下去，以精简为本意的铁路改革，恐怕会越改越庞大、越改越臃肿。
机构精简会遇到阻力，这当然可以理解。实际上，国务院机构改革经过多轮之后，才选择拆分铁道部，已经是对改革阻力作了足够的考虑，同时留下了足够长的过渡时间。在这种情况下，铁路总公司还是一味回避阻力，实在说不通。精减机构、编制的确会对以往的利益格局形成触动，但改革至少要呈现出某种增量，不能为了减少阻力而忘记甚至放弃改革的初衷，以更加庞大的机构设置来消解精简的本意。
作为第一央企，铁路总公司的出资人是全体纳税人，其机构和编制设定不是纯粹的企业行为，改革不能只照顾被改革者的利益，更要考虑公众的利益。不论如何，机构不减反增的改革操作，难逃换汤不换药之嫌，这绝非此次铁路改革的初衷，与公众预期南辕北辙。可以想象，如果铁路总公司维持着臃肿的机构和编制，谁能保证他们不会将行政管理成本转移到票价上，从而由公众埋单呢？民众可不希望铁路改革的结果是票价上涨。
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